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（一）亮發光桿菌單染色法  只應用一種染料進行染色的方法，如美藍染色法。
美藍染色法：在已干燥、固定好的抹片上，滴加適量的（足夠覆蓋抹片點即可）美藍染色液，經1～2分鐘，水洗，瀝去多余的水分，吸干或烘干（不能太熱），然后鏡檢。
（二）復染色法  應用兩種或兩種以上的染料或再加助染劑進行染色的方法。染色時，有些是將染料分別先后使用，有些則同時混合使用，染色后不同的細菌和物體或者細菌結構的不同部分，可以呈現不同顏色，有鑒別細菌的作用，又可稱為鑒別染色，如革蘭氏染色法，抗酸染色法，瑞特氏染色法和姬姆薩氏染色法等。
1．革蘭氏染色法
（1）在已干燥，固定好的抹片上，滴加草酸銨結晶紫染色液，經1～2分鐘，水洗。
（2）加革蘭氏碘液于抹片上媒染，1～3分鐘，水洗。
（3）加95％酒精于抹片上脫色，約30秒至1分鐘，水洗。
（4）加10倍稀釋石炭酸復紅液復染1～2分鐘，水洗。
（5）吸干或烘干，鏡檢。革蘭氏陽性細菌呈藍紫色，革蘭氏陰性細菌呈紅色。
2．抗酸染色法
（1）在已干燥，固定好的抹片上滴加較多量的石炭酸復紅染色液，將玻片置酒精燈火焰上緩緩加熱，至產生蒸汽即止（不要煮沸），維持微微產生蒸汽，經3～5分鐘，水洗。
（2）用3％鹽酸酒精脫色，直至標本無顏色脫出為止，充分水洗。
（3）用美藍染色液復染約1分鐘，水洗。
（4）吸干或烘干，鏡檢。抗酸性細菌呈紅色，非抗酸性細菌呈藍色。
3．瑞特氏染色法
抹片自然干燥后，滴加瑞氏染色液于其上，為了避免很快變干，染色液可稍多加些，或者看情況補充滴加，經1～3分鐘，加約與染液等量的中性蒸餾水或磷酸鹽緩沖液，輕輕晃動玻片，使與染液混勻，經3分鐘左右，直接用水沖洗（不可先將染液傾去），吸干或烘干，鏡檢。細菌染成藍色，組織、細胞等呈其他顏色。
4．姬姆薩氏染色法
（1）于5ml新煮過的中性蒸餾水中滴加5～10滴姬姆薩氏染色液原液，即稀釋成為常用的姬姆薩氏染色液。
（2）抹片經甲醇固定并干燥后，在其上滴加足量的染色液或將抹片浸入盛有染色液的染色缸中，染色30分鐘，或染色數小時至24小時，取出水洗，吸干或烘干，鏡檢。細菌呈藍青色，組織、細胞等呈其他顏色。視野常呈淡紅色。
5．莢膜染色法
（1）涂片、干燥  同單染色法。
（2）固定  滴加甲醇液于涂抹面上，固定2～3分鐘。
（3）水洗  傾去甲醇液，用水輕沖洗。
（4）染色  滴加堿性美蘭染色液數滴于涂抹面上，染色2～3分鐘。
（5）水洗  傾去染色液，用水輕沖洗。
（6）干燥，鏡檢  菌體染成藍色，莢膜染成粉紅色或無色。
莢膜染色的原理：莢膜染色主要用于炭疽桿菌病料的莢膜檢查。因為炭疽桿菌莢膜系由d-谷氨酸組成的多肽所構成，而菌體的主要成分則為核蛋白，因二者著色力不同，染色水洗后，則可把莢膜上一部分染料沖洗掉，顏色變淡，故顯微鏡檢查時，在著色較深的菌體周圍看到一圈呈淡紫色的膜，即莢膜。又因堿性美蘭是一種多染性染料，故菌體染為藍色，莢膜則染成淡薔薇色。
6．亮發光桿菌芽胞染色法
（1）將有芽胞的材料作涂片、干燥、固定。
（2）將5％孔雀綠水溶液滴加于固定好的涂片上。
（3）用木夾夾住載玻片在酒精燈火焰上加熱，使染料冒蒸汽（但不能煮沸），切勿使染料蒸干，必要時可添加少許染料。加熱時間從冒蒸汽時開始計算約4～5分鐘。
（4）傾去染色液，待玻片冷卻后水洗至孔雀綠不再退色為止。
（5）用0.5％沙黃水溶液復染1分鐘，水洗。
（6）干燥或烘干后，置油鏡觀察，芽胞呈綠色，菌體呈紅色。
7．鞭毛染色法之一
（1）涂片  取10～12小時的幼齡培養菌，用1％福爾馬林水溶液制成菌液，在37℃溫箱中固定24小時，涂抹于載玻片上。
（2）自然干燥，不固定。
（3）用下述染色液加溫染色30秒到1分鐘，然后靜置1～2分鐘。
（4）染色液配制
①0.5％苦味酸水溶液（加溫溶解后過濾）1.0ml。
②20％鞣酸水溶液（加溫溶解，不過濾）1.0ml。
③5％鉀明礬水溶液（加溫溶解后過濾）0.5ml。
④10％復紅酒精溶液（配制后7天過濾）0.5ml。
上述染色液在用前，按①、②、③、④的順序混合后，即可使用（染色液現配現用）。
（4）水洗、干燥、鏡檢。
（5）結果  菌體呈深紅色，鞭毛呈淡紅色。
8．鞭毛染色之二
（1）脫脂玻片的準備  要用新的或表面沒有磨損痕跡的玻片。先用洗衣粉煮10～15分鐘，取出玻片用清水洗凈，再放入洗滌液中浸泡24小時左右，取出后，用自來水和蒸餾水洗凈，再用95％酒精脫脂，用火焰燒去酒精，即可使用。如不立即使用，可在脫脂后放于干凈的盒中，或浸泡于95％酒精中，用前在火焰上燒去酒精，冷卻后使用。
（2）菌種  應用有冷凝水的新制瓊脂斜面接種，培養10～12小時應用。如所用菌種久未移植，在這種斜面上每天移植一次，連續移植2～3次后使用。
（3）染色液的配制
甲液： 
單寧酸            5g
FeCl3             1.5g
蒸餾水            100ml
15％福爾馬林      2.0ml
1％NaOH          1.0ml
配好后，當天使用，次日效果差，第3天則不好用。
乙液： 
AgNO3      2g
蒸餾水      100ml
待AgNO3溶解后，取出10ml備用，再向余下的90mlAgNO3中滴入濃氨水，使之成為很濃的氫氫化銀，再繼續滴加氨水變為透明，直到重新形成的沉淀物又剛剛溶解為止。再將備用的10ml AgNO3慢慢滴入，則出現薄霧，但輕輕搖動后，薄霧狀沉淀又消失，再滴入AgN03，直到搖動后仍呈現輕微而穩定的薄霧狀沉淀為止。如所呈薄霧不重，即可使用，此染劑可使用一周。如霧過重、則銀鹽被沉淀出，不宜使用。
（4）染色方法  在載玻片一端加蒸餾水一滴，再用接種環釣取少量細菌于水滴中沾幾下，將載玻片傾斜，使水滴流到另一端，然后將載玻片稍斜或平放，在空氣中干燥后，在涂片上滴加甲液染色2～4分鐘，用蒸餾水沖洗，將殘水甩干，或用乙液沖去水后，再加乙液染色30～60秒鐘，然后用蒸餾水沖洗，在空氣中晾干，鏡檢。如未見鞭毛，應在整個涂片上多找幾個視野，有時只在部分涂片上染出鞭毛來。如加乙液后，將載玻片在酒精燈上稍加熱，使其微冒蒸汽且不干，則效果更好。
9．立克次氏體染色法
（1）涂片  以病料制成涂片。
（2）干燥、微加溫固定。
（3）染色  滴加0.25％堿性復紅水溶液（染色液調至pH7.2～7.4），用濾紙過濾,染色4分鐘。
（4）脫色  用0.5％枸櫞酸把多余的染色液洗脫掉。
（5）水洗
（6）復染  1％美蘭水溶液復染數秒鐘。
（7）水洗、干燥、鏡檢。
（8）亮發光桿菌結果  立克次氏體呈紅色，其他組織細胞呈藍色。